Юпитер е най-голямата планета в Слънчевата система, само Слънцето е по-голямо. Планетата има обем 1130 пъти по-голям от Земята и е 813 пъти по-тежък. При формирането на Слънчевата система тя е имала обем 10 пъти по-голям от сегашния, затопля се от гравитационното свиване и прилича на нова изгряваща звезда. Ядрените реакции в Юпитер обаче не могат да бъдат поддържани, какъвто е случаят със Слънцето. Ако това не се случи, Юпитер ще се превърне в двоична система и Слънчевата система ще бъде съществено различна от това, което познаваме днес. Постепенно планетата се набръчка, яркостта й намаля. Но сега той също излъчва същото количество енергия отвътре, колкото получава от Слънцето. Много силното магнитно поле на Юпитер предполага, че планетата има железно ядро.
След задълбочени изследвания обаче е установено, че центърът на магнитното поле е на 10 000 км от центъра на планетата и е наклонен на 11 ° от оста на въртене. Тази точка е и центърът на магнитосферата на Юпитер. Той се простира на разстояние от 10 милиона километра. На около половината от разстоянието магнитосферата има най-високата температура, около 17 пъти повече, отколкото в средата на Слънцето. Юпитер, подобно на други външни планети, се състои предимно от газ и течности, особено водород и хелий (подобно на Слънцето). Ако имаше твърдо ядро, вероятно нямаше да е по-голямо от Земята. Над него ще има над 6000 км дебел леден слой, който тук ще остане в твърдо състояние не поради ниските температури (Юпитер, от друга страна, е известен с високата си температура), а поради огромното налягане. Голяма част от планетата се състои от разтопен метален водород. Над този слой е преходна зона, преминаваща в слоя течен молекулярен водород. Юпитер се характеризира със своите цветни бурени облаци, образувани в тропосферата. Предполагаме, че долните облаци, подобно на Земята, се образуват от водни пари. Още по-голяма облачност се образува от амониев сулфат, на още по-голяма надморска височина само чист амоняк.
Около 60 км над най-високите облачни слоеве е тропосферата, която плавно се влива в стратосферата, където температурите са около -100 ° С. В по-горния слой - йоносферата обаче температурата отново се повишава. Атмосферата е сложна система с добре видими хоризонтални ленти. Най-значимата формация на Юпитер е т.нар Червено петно. Това е тухленочервена формация, която е около 3 пъти по-голяма от Земята. Счита се за система с по-високо налягане от околната среда и прилича на огромна буря. Среща се на по-голяма надморска височина и по-ниски температури от повечето облаци на Юпитер. Голямото червено петно е почти сигурно резултат от някакъв поток на газ, издигащ се на големи височини от дълбините на атмосферата на Юпитер, но потокът на материята от мястото е незначителен. Бурята, продължила повече от 300 години, обаче променя своята интензивност. Тропическият пояс на Юпитер се характеризира с образувания на равни разстояния. В северното полукълбо има и малки кафяви бури, които се въртят с огромна скорост обратно на часовниковата стрелка. Тези единици са свързани и изключени. Най-голямата активност в облака на Юпитер е в района около Голямото червено петно. От време на време по ръба му се появява ивица бели облаци.
След полета на Вояджър също са открити значителни пръстени на Юпитер, които са много по-малко видими, отколкото при Сатурн, но са много тънки и тесни.